1905年佩鲁贾足球队在同弗特不拉西奥队合并之后成立了现在的佩鲁贾俱乐部。在当初的主席斯图尔特的领导下，佩鲁贾队参加了建队以来的首次足球赛事――1908年的大学锦标赛，并取得了第四名的成绩。佩鲁贾俱乐部是当初创办正式足球联赛的积极倡导者，在这方面他们可以称得上是意大利足球的先驱。 
　　1914年俱乐部新任主席安东尼奥将队名更改为佩鲁贾社会竞技队。由于经营不善，安东尼奥在这个位置上没有能够呆多久便引咎辞职。而他的两位继任者――吉瑟皮·帕蒂奇和罗西·斯格蒂同样也没有能够整治好千疮百孔的俱乐部。球队只是在投资商马里奥·安格洛尼的入主后才逐渐恢复了元气，同时他设计出了佩鲁贾队红白色的出场队服，不久之后这两种颜色就正式成为了俱乐部的标志色。 
　　1922年，重整河山的佩鲁贾队参加了当年的意大利足球乙级联赛，并于三年之后挤身意甲行列。在迎战他们的首个意甲对手罗马队时，不堪一击的佩鲁贾队被罗马无情地9：1凌辱，涉世不深的球队终于切身体会到了江湖的险恶，佩鲁贾队只在意甲联赛停留了短短的一个赛季便跌入了乙级。 
　　1928年布伊托尼食品集团的总裁布鲁诺·布伊托尼接手了佩鲁贾俱乐部。在他强大的财政支持下，球队的战绩开始逐渐出现起色，1932－1933赛季佩鲁贾队终于以乙级联赛亚军的身份重返意甲赛场。但不幸的是，噩梦再度上演，他们仅仅支撑了两个赛季便终因实力不济再度回到了乙级联赛之中。 
　　接下来的岁月对于球队来说可谓不堪回首，二战结束后佩鲁贾队没有像别的一些球队那样抓住发展的大好契机挤身强队之林，反而厄运附体一般地开始了他们难以遏止的下滑道路。战争结束不久之后，佩鲁贾队便跌入了丙级联赛的深渊并长期身陷囹圄之中。球队在经过了漫漫黑夜之后终于在1966－1967赛季看见了一丝曙光并于这个赛季摆脱了丙级联赛的梦魇，这主要归功于佩鲁贾队主教练安格洛·马泽蒂的英明领导。 
　　但起步的阶段对于爬坡的佩鲁贾队来说非常艰难，直到1975年球队才经过了艰苦卓绝的奋斗之后终于升入了意甲赛场，球队在主教练伊拉里奥·卡斯塔格内尔的率领之下赢得了当年的乙级联赛冠军。俱乐部主席弗兰科阿托马和主力球员马孔切尼、那皮、瓦尼尼、阿曼塔、索里尔、弗洛西奥以及一群斩露头角的年轻球员也都攻不可没。在接下来的连续五个赛季之内，佩鲁贾队经受住了意甲豪强们的严峻考验， 
　　1978－1979赛季他们甚至取得了联赛亚军的优异成绩，同时他们史无前例地创下了一个赛季保持不败的骄人战绩（11胜19平），这期间球队一直由功勋教练卡斯塔格内尔执掌帅位。 
　　然而即便这个发展的黄金时期对于佩鲁贾队也并非歌舞升平的。球队一名极有天赋的年轻球员雷纳托·古力不幸英年早逝，这也成为了俱乐部一笔难以估量的损失。在1977年10月30日主场同尤文图斯队的比赛进行到下半场时，原本生龙活虎并不断给对手造成极大威胁的古力却没有抵挡住心脏病的突然袭击轰然倒在了他为之奋斗的绿茵场上，一个小时后不治而亡，一个才华横溢的未来之星就这样湮没在尘世之中。但古力的名字却永远地留在了钟爱他的球迷心中，俱乐部将体育场命名为雷纳托·古力球场以缅怀这位牺牲在战斗岗位上的佩鲁贾球员。 
　　1981年佩鲁贾队再度跌入乙级联赛，随后一系列的打击接踵而来，他们甚至一度滑落到丁级行列（C2），一穷二白的球队从此便开始了漫长的爬坡路程。球队经过各种“努力”曾经打回了丙级行列，但事后被查出俱乐部主席高奇在比赛前曾经用一匹良种马贿赂当值主裁判，于是球员们的辛苦努力都化为乌有。 
　　随后的岁月对于佩鲁贾球迷也许并不陌生，球队的沉沉浮浮早已令他们习以为常。1995－1996赛季在赢得了乙级联赛第三名的成绩之后，佩鲁贾队重新返回了朝思暮想的意甲赛场，赛季结束该队再次降级，但一年后该队便再次重返甲级赛场，如今经过几个赛季的磨炼，该队在意甲赛场已经站稳的脚跟。 
　　佩鲁贾这两年在亚洲的名声甚响，原因是俱乐部1999/2000赛季成功的引进了日本中场球员中田英寿，并把他塑造成世界级球星，随后成功的卖给意甲豪门罗马，大赚了一笔。本赛季佩鲁贾试图故伎重演，招入了中国球员马明宇，也许是马儿自己不争气，也许是主帅科斯米一直不相信中国球员，最终马明宇没有踢上一场正式比赛便回到了四川全兴，使得中国人圆意甲梦的希望化为乌有。